境内主要矿产资源有煤、铁、铜、铅、锌、锡、盐、硫磺、石膏、黑砂金、银矿、重晶石等。其中煤为最多,有“玉树煤油”之称。其中,东坝煤矿储量为4000万吨,癿扎煤矿储量为200万吨,均为热值7000大卡的无烟煤。盐业是投资少晒制易,交易高的“无烟工业”,小盐泉遍布全县各乡,囊谦食盐已远销西藏昌都,四川甘孜等地区。主要矿床有:
治金山铁矿床 矿区位于囊谦县吉曲乡治金山一带,区内出露地层为下石炭统杂多群,上部碎屑岩组及碳酸盐组,两者以断裂分开。主要岩性是黑色——灰黑色长石石英砂岩夹板岩,灰——浅灰色薄层泥灰岩,偶夹豆状灰岩、厚层灰岩,下部为白色、灰白色含燧石结核厚层灰岩,夹灰褐色厚层泥灰岩,本层是矿体的直接围岩。岩浆岩主要是灰色——浅灰色闪长岩、英安斑岩等,呈岩珠、岩脉状产出。岩体与灰岩接触带长约4公里,宽500米~600米,在接触带南段长1.5公里的范围内,见到矿化及矿体,按生成部位和矿石质量分出5个矿化带,圈出16个矿体。Ⅰ号矿化带 产于内接触带,长约1200米,宽约80米,包括1~8号8个矿体,多呈透镜状、扁豆状产出,长35米~370米,厚1.1米~19.1米,矿石矿物以磁铁矿为主。全铁品位1号矿体为48.53%;2号矿体52. 12%;3号矿体42%~52.2%。有害杂质含量:二氧化硅3.15%,磷0.055%,硫0. 033%。Ⅱ号矿化带 产于外接触带的灰岩内。长约200米,宽50米,内产9~12号4个矿体。矿体多呈脉状产出,长5米~35米;厚1.2米~3.1米,为褐铁矿矿石。含全铁48. 46%~50. 91%,二氧他硅25. 48%,磷0.003%,硫0. 07%o Ⅲ号矿化带 产于闪长岩体内。长270米,宽30米,矿体呈串珠状产出,长45米~50米,厚1.2米~3米,矿石以稀蔬浸染磁铁矿矿石为主,含全铁3.6g%oⅣ号矿化带 产于灰岩中,长50米,含1个矿体,矿体呈脉状产出,长70米,厚5米,矿石以稠密浸染磁铁矿矿石为主,含全铁48. 08%。V号矿化带 产于灰岩中,长100米,宽20米,含1个矿体。矿体铁呈脉状产出,长60米,厚3.5米,矿石以褐铁矿矿石为主,含全铁53. 85%,硫0.02%,磷0.08%。矿床以富铁为主。围岩蚀变以矽卡岩为主,次有绿泥石化,绿帘石化等蚀变。矽卡岩化接触零星分布。矿床成因类型属矽卡岩型。定为小型矿床。
解嘎小型银(铜)矿床 位于囊谦县尕羊、东坝、吉尼赛乡的交界处解嘎一带。区内出露地层为侏罗统雁石坪群砂岩、砾岩及砂、砾岩互层。局部夹中酸性火山岩和生物碎屑灰岩,上部为微晶灰岩及生物碎屑灰岩。矿区西部见第三系砂砾岩分布。区内断裂构造十分发育,主要有北西、北东及近南北向三组,它们与成矿关系密切。银、多金属矿化主要见于矿区中部矿化带中,矿化带呈不规则条状带,长650米,宽15米~35米,呈北西——南东向展布,矿化以银为主,次为铜、铅、锌等。矿化带中部较强,向西变弱。与围岩没有明显的界线,矿化带明显受断层控制。共圈出4个矿体。I矿体:位于矿化带中部,地表呈不规则脉状。长640米,宽1米~7.5米,呈北西——南东向展布,是以银为主的矿体,银矿段位于矿体中心,面积占矿体总面积65%,铜或铅矿段见于矿体两侧。按主要成矿元素的不同可分7个矿段。1~2矿段为银矿段;3矿段为铜矿段,其余为铅、锌矿段。Ⅱ矿体:位于工矿体底板以下6米~8米处。地表呈不规则脉状,长210米,宽1米~3米,厚1.5米,为含铅银矿体,按矿石主要元素可分为三个矿段,l矿段为含铅银矿段,2矿段为银矿段,3矿段为含铅银矿段。Ⅲ矿体:位于矿化带北东部I矿体顶极以上5米~8米,长120米,宽1米~6米,厚3.13米,为铜矿体,含铜品位0.41%,含银9.68克/吨。Ⅳ矿体:位于矿化带西南,地表呈不规则脉状,为铅矿体。长250米,宽1米~8米,厚3.55米。含铅1.726%,锌0.354%。I矿体1矿段含银多在100克/吨以上,最高达516克/吨,平均品位银193.66克/吨。含铜0.351%,铅0.46%0 2号段含银108 .24克/吨,铜0.33%,铅8.18%,锌0.731%,属热液型银多金厚矿床。
豹草沟小型煤矿 位于囊谦县东坝乡豹草沟一带,含煤地层为上石岩统含煤碎屑岩组。含煤地层出露厚为864. 89米,煤层总厚26.98米。豹草沟地区含煤碎屑岩组共见煤II层,分别位于豹草沟东侧的煤一、煤二、煤四层和沟西侧的煤五、煤十层。可采煤有九层。煤一:走向长600米,煤层平均厚0.79米,结构单一,煤层厚度变化不大,测区有3条探槽控制。煤二:走向长350米,煤层平均厚3.4米,结构单一,煤层厚度不稳定,测区内有4条探槽控制。煤四:地表,出露长300米,煤层平均厚2.45米,结构简单,煤层厚度较稳定。测区内有3条探槽控制。煤六:走向长500米,煤层平均地6.35米,结构简单,煤层厚度稳定,测区内有6条探槽控制。煤七:走向长500米,煤层平均厚5.71米,结构单一,厚度稳定,测区内有6条探槽控制。煤五、煤八、煤九、煤十四层为可采煤层,由于第四系覆盖较厚,仅由19号探槽控制。走向长度、煤层厚度变化等均不详。